داستان بازی هم‌زمان با اتفاقات رزیدنت اویل ۲ رخ می‌دهد. شهر راکون گرفتار یک فاجعه عظیم شده و حالا یکی از اعضای S.T.A.R.S که ولنتاین نام دارد، در این شهر گیر افتاده است. کمپانی آمبرلا که در شهر راکون در حال انجام یک سری آزمایش‌های محرمانه بود، باعث وقوع فاجعه‌ای شد که ممکن بود به انقراض انسان‌ها منجر شود.