داستان بازی دو ماه پس از وقایع Rise of the Tomb Raider جریان دارد و لارا این بار به سراغ سرزمینهای آمریکای مرکزی و آمریکای جنوبی در شهر مخفی Paititi میرود تا ماجراجویی جدیدی را آغاز کند. او دوباره به جنگ با Trinity میرود و باید قبل از رسیدن Trinity مانع از وقوع آخرالزمان قوم مایا شود.